La deficiencia de vitamina B12 causa cansancio, debilidad, constipación, pérdida del apetito, pérdida de peso y anemia megaloblástica. Además, es posible que se manifiesten problemas neurológicos, como entumecimiento y hormigueo en las manos y los pies. Otros síntomas de la deficiencia de vitamina B12 incluyen problemas de equilibrio, depresión, confusión, demencia, mala memoria, e inflamación de la boca o la lengua. La deficiencia de vitamina B12 puede causar daños en el sistema nervioso, incluso en personas que no padecen anemia. Por este motivo, es importante tratar una deficiencia lo antes posible.

En los bebés, los signos de una deficiencia de vitamina B12 incluyen retraso del crecimiento, problemas del movimiento, retrasos en alcanzar los hitos típicos del desarrollo, y anemia megaloblástica.

Altas concentraciones de ácido fólico pueden ocultar una deficiencia de vitamina B12 al corregir la anemia megaloblástica, un signo característico de la deficiencia de vitamina B12. Sin embargo, el ácido fólico no corrige el daño progresivo al sistema nervioso que también causa la deficiencia de vitamina B12. Por esta razón, los adultos sanos no deben consumir más de 1,000 mcg de ácido fólico por día.